Si quieres evitar que los usuarios se salten la macro Autoexec o el formulario que has establecido como Inicio, puedes hacerlo cambiando la propiedad AllowBypassKey. Encontrarás información y ejemplo en la Ayuda de Access, pero utilizala con precaución, pues una vez cambiada ni tu mismo podrás utilizar la tecla MAYÚS para ver la base de datos.
Si la aplicación está protegida en forma de archivo MDE, puedes utilizar la propiedad MDE para averiguar si lo que se está ejecutando es la base de datos protegida o la original, y a continuación cambiar la propiedad AllowBypassKey solamente si es MDE. De esta forma no correrás el peligro de bloquear el original, la propiedad MDE no se basa en el nombre de la base de datos sino en el formato interno. Es decir, aunque le cambies el nombre a mibase.mde y le llames mibase.mdb, la propiedad MDE seguirá indicando Verdadero ("T").